กำเนิดมาจากความคิดเห็นที่แตกแยกกันในเรื่องความเชื่อและชีวิต คริสตชน โดยเรียกพวกที่ไม่ใช่คาทอลิก หรือออร์ทอดอกซ์ว่า "โปรเตสแตนต์" (Protestant) ซึ่งแปลว่า "ประท้วง", "ผู้คัดค้าน" แยกตัวในปี ค.ศ. 1529 โดยมาร์ติน ลูเทอร์ ชาวเยอรมัน และผู้สนับสนุน ในยุคที่ฝ่ายคาทอลิกเกิดปัญหาขึ้นมากมาย

มาร์ติน ลูเทอร์ (1483-1546) เกิดที่แซกซอน ประเทศเยอรมัน เป็นบุตรคนยากจน แต่มีโอกาสได้ร่ำเรียนได้รับการศึกษาสูงจนจบปริญญาเอก และได้ศึกษาเทวศาสตร์ และได้เป็นครูในมหาวิทยาลัย มีผู้รักใคร่ เชื่อถือ จำนวนมาก ต่อมาลูเทอร์ มีโอกาส เข้าสู่ชีวิตนักบวชและแสวงบุญที่กรุงโรม และตะลึง ที่เห็นว่า สังฆราชมีชีวิตอย่างฟุ้งเฟ้อ เลิศเลอ จนเกินเหตุ จึงเห็นว่าควรมีการเปลี่ยนแปลงทางศาสนา ต่อมาได้ตีความพระคัมภีร์ ไบเบิล และวิพากษ์วิจารณ์ปรัชญาศาสนาของยุคกลาง พระศาสนจักร ซึ่งในขณะนั้นมีการขายใบบุญกันมาก

ความคิดของมาร์ติน ลูเทอร์ ได้รับการสนับสนุนจากมหาชนเยอรมันเป็นจำนวนมาก แล้วแพร่หลาย ออกไปทั่วยุโรป การเคลื่อนไหวดังกล่าว ทำให้พระสันตะปาปา และฝ่ายสังฆราช ไม่พอใจและประกาศบัพพาชนียกรรม (ขับไล่ - Excommunication) มาร์ติน ลูเทอร์ ในปี ค.ศ. 1521

ต่อมาทางฝ่ายสังฆราชบัญญัติกฎที่หาประโยชน์แต่กลุ่มของตนเอง เอาเปรียบหลอกเงินชาวบ้าน ลูเทอร์ จึงเรียกประชุมผู้รู้ทั้งหลาย มาหารือกันว่าจะเปลี่ยนแปลงปรับปรุงอย่างไรดี เรื่องกระทบไปถึงวงการการเมือง เพราะพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 5 แห่งเยอรมนี เกรงว่าความแตกแยกทางศาสนา จะทำให้กลุ่มแตกแยก ทางการเมือง ที่เกิดขึ้นอยู่แล้ว กระเทือนบัลลังก์ของพระองค์ จึงให้เปิดสภาไต่สวน เพื่อเอาผิด ลูเทอร์ ซึ่งปรากฏว่า สภาจับผิด อะไรไม่ได้ แต่ก็ลงเอยด้วยการประกาศให้ลูเทอร์ เป็นคนนอกศาสนาอยู่ดี สุดท้าย ลูเทอร์ แต่งหนังสือบรรยาย ความเห็น แสดงลัทธิใหม่ แปลคัมภีร์ไบเบิลออกมา เป็นถ้อยคำที่ชาวบ้านทั่วไป อ่านแล้วเข้าใจ จึงเป็นที่แพร่หลาย มาจนถึงปัจจุบัน